Wechsel von WIN 10 zu Linux Manjaro NTFS wird seit einiger Zeit von Linux erkannt. Externe Platten würde ich also in jedem Fall zunächst so lassen.
Wie cosinus schon schrieb, werden die Systemplatten ja sowieso bei der Installation formatiert. Als Linux-Standard gilt dabei immer noch Ext4. Du solltest aber auch über Btrfs nachdenken. Das bietet den Vorteil, dass du z.B. mit Timeshift sehr komfortabel System-Snapshots erstellen kannst und ein Roll-Back sehr einfach ist. Es kommt aber natürlich auf deine Sicherungs- und Backup-Vorlieben an.
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