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Unter Linux dürfte LUKS mit am verbreitetsten sein, aber noch bin ich auch nicht umgestiegen:

Daten verschlüsseln ? Wiki ? ubuntuusers.de

Jo, wenn ich das müsste würde ich mit verschlüsselten LVM-Containern anfangen, LVM hat da einige Vorteile, aber weicht auch stark von bisherigen Konzepten ab. Heißt, man muss sich neben dem "normalen" Linuxkram auch noch stark mit abstrakten virtuellen Partitionen befassen und verstehen wie diese aufgebaut sind.

LVM wird idR offiziell bei Ubuntu nur über Alternate-Installs angeboten. Ich hab eine LVM-Install aber auch manuell über die normale Desktop-CD hinbekommen. (einfaches LVM, nix verschlüsselt)

Ich warte noch etwas, vielleicht gibt es ja bald einen echten Nachfolger für Truecrypt:

Deutscher Nachfolger für TrueCrypt angekündigt | iX

Bis dahin kannste ja noch TrueCrypt 7.1a verwenden