Du solltest alles erstes dein "neues" Windows komplett updaten und absichern, inklusive AV-Programm. Und dann erst die zweite Festplatte anschließen und dann als erstes mit dem AV-Programm einen Vollscann dieser Platte machen.
Eventuell noch eine zweite oder gar dritte Meinung einholen, also z.B. noch mit Malwarebytes Antimalware und anderem On-Demand-Scanner komplett überprüfen..
Bedenke: Persönliche Dateien auf einer NTFS-Partition sind u.U. (so) nicht nutzbar und auch nicht scanbar. Du musst dir u.U. erst die Rechte daran geben. (Besitz + Rechte)