Habe alle Dienste über msconfig deaktiviert (und über den Task-Manager noch nicht). Nach einem Neustart schien es nicht diese 100% Auslastung zu geben. Da diese aber auch immer unregelmäßig und mal mehr oder weniger häufig auftritt, ist es schwer einzuschätzen. Zudem konnte ich auch nur recht eingeschränkt arbeiten (z.B. kein Internet verfügbar) und konnte somit auch nicht wirklich dadurch gestört werden.
Zudem gibt es etwas über 200 Dienste, daher ist es mir nahezu unmöglich die Dienste nach einander durchzuprobieren und diese einzeln ausschließen zu können. Gibt es vllt. eine Auswahl an Diensten, die als Übertäter eher in Betracht kommen?

Dann teste mal einmal komplett ohne AV Programm. Und deaktiviere (mit Ccleaner zb) den kompletten Autostart, auser hardwarerelevante Software.

Im Autostart ist fast nur Hardware relevante Software. Wenn ich alles andere deaktiviere, bringt das nichts. Und bei ein paaren weiß ich nicht, ob die Hardware relevant sind (z.B. VM331 StiMnt von Vimicro).

Deaktiviere einfach eins nach dem andern in Ccleaner, was andres, ausser dem richtigen Durchführen des CLean Boot wie oben beschrieben, gibt es nicht.

Soooo, nach langer Zeit konnte ich mich meinem Problemchen wieder widment. Ich habe das Notebook jetzt einfach mal formatiert - und siehe da! Bis jetzt läuft es wie es sollte! Habe bis jetzt allerdings nur Antivirensoftware, Win-Updates, Browser und Office-Suite installiert. Habe jetzt Angst, wenn ich die 1000 Treiber von Lenovo installiere, dass es dann wieder anfängt rum zu haken... Any opinions on that?!

einzeln installieren und testen, also Clean Boot anders rum :).

Ja, macht Sinn :)
Aber davon abgesehen frage ich mich, welche Treiber ich überhaupt installieren sollte...
Guckst du hier: http://support.lenovo.com/de/de/products/laptops-and-netbooks/thinkpad-edge-laptops/thinkpad-edge-e130
Sind leider seeehr viele. Trotz Readme und Googlen konnte ich nicht immer Zweck und Nutzen heraus finden.

Mindestens die, damit in deinem Gerätemanager kein Gerät mehr mit gelbem Ausrufezeichen dargestellt wird. Ich würde aber eigentlich alle installieren, die zu deinem Gerät gehören.