Sry, irgendwie hab ich das Gefühl, wir sind an einem Punkt angelangt, wo noch mehr Analyse nicht mehr viel bringt. Ich habe den Eindruck, dass dein System in einem recht instabilem Zustand rumhängt, mit keinem Tool konnte ich eine Infektion wirklich nachweisen, aber die Auswirkungen sind anscheinend immer noch da. Jedenfalls hab ich kein wirklich klares Bild über diese Ferndiagnose. Probieren wir ein letztes Mal ein Tool, das seit kurzem wieder benutzbar ist:

Blacklight

Führ es aus und poste das Logfile.